(1) 「奈米材料、元件加工與量測專業研究」

(a) 奈米材料之製備與特性分析
(b) 奈米陶磁、磁記錄與稀有材料之應用研究
(c) 電子顯微鏡之應用與分析技術
(d) 奈米元件加工、壓印與製造技術
(e) 奈米碳管光電顯示器之開發與應用
(f) 奈米機電系統研發與整合研究
(g) 奈米定位控制與量測技術之研發

(2) 「奈米生醫技術專業研究」

(a) 奈米級生技產品之研製
(b) 生物晶片製造技術之研發
(c) 微奈米生醫工程技術之研究
(d) 奈米醫學影像技術之研究
(d) 有機和無機太陽光電池之研發與應用技術
(e) 燃料電池研發及應用技術
(f) 微奈米熱流與熱管之應用研究

(3) 「新能源技術專業研究」

(a) 有機和無機太陽電池之研發與應用技術
(b) 燃料電池研發及應用技術
(c) 微奈米熱流與熱管之應用研究